平成時代

クラークスン神父の後任は、イタリア出身のドメニコ・ヴィタリ神父で、1991年4月に就任しました。ところが、その年の9月5日、サビエル記念聖堂が火災により焼失するという大事件が起こりました。山口教会にとって激動の時代が始まりました。
神父は、悲しみにくれる信者を励ましながら、聖堂再建に向けた取組を開始しました。再建の募金活動、ピアノリサイタル、再建バザーなどの活動を行う一方で、聖堂の設計、建設委員会の設置、山口市民に対する説明会等を順次行っていきました。

ヴィタリ神父が聖堂再建活動に専念する中で、教会の主任司祭は、1992年4月には裏辻洋二神父、同年9月には住田省悟神父、1995年4月からは山根敏身神父と引き継がれていきましたが、いずれの神父も、聖堂を失った教会の運営に力を尽くされ、厳しい時期を乗り越えていったのでした。

1996年3月、新聖堂は起工され、98年4月、ついに待望の献堂式が執り行われました。ヴィタリ神父は、その月に主任司祭に再任、聖堂再建活動を通じて得られた様々な連帯の輪を拠り所に、新しい器による新しい教会活動を展開していきます。
1999年は「サビエル来日450年」。10月21日から25日には、サビエルの聖腕山口巡礼が行われました。また2000年は「紀元2000年大聖年」として、4月29日には、世界の平和を祈念して五大陸に1個ずつ与えられた「平和の鐘」の祝別式が、聖堂前で行われました。
2003年11月には、教会の柊墓地納骨礼拝堂が完成し、献堂式が行われました。

2005年4月からは再び山根敏身神父が、2006年4月から2009年3月まで、松村信也神父が主任司祭となりました。松村信也主任司祭の間、琵琶法師ダミアンが列福され福者となり、2007年8月にダミアン祈念を建立し、祝別の祈念ミサが執り行われました。また、翌年11月には長崎で行われた列福式に山口教会として参列し、長崎巡礼を行いました。2009年4月に神戸のカトリック六甲教会に主任司祭として赴任されました。

2009年4月、麹町教会(イグナチオ教会)から加藤信也神父が主任司祭として赴任されました。